Sejarah terbentuknya Program Studi Pendidikan Matematika (Prodi PMM), dimulai pada tahun 1980-an, dibawah pengelolaan dan penyelenggaraan Fakultas Tarbiyah IAIN Sumatera Utara Medan, dengan nama Program Studi Tadris Matematika. Berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/178/2007 tanggal 20 April 2007 tentang izin penyelenggaraan Program Studi pada IAIN Sumatera Utara Medan, Tadris Matematika berubah nama menjadi Pendidikan Matematika. Pada periode kepemimpinan 2008-2012, Ketua adalah Dr. Rusydi Ananda, S.Ag, M.Pd dan Sekretaris yakni Dr. Fibri Rakhmawati, M.Si. Periode 2012-2016, Ketua adalah Dr. Siti Halimah, M.Pd dan Sekretaris yakni Dr. Fibri Rakhmawati, M.Si. Periode 2016-2020, Ketua adalah Dr. Indra Jaya, M.Pd dan Sekretaris yakni Dr. Mara Samin Lubis, M.Ed. Kemudian pada tanggal 09 Januari 2019 Sekretaris menjadi Siti Maysarah, M.Pd berdasarkan SK Rektor UIN Sumatera Utara Nomor. B-001/Un.11.R/B.I.3.b/KP.07.6/01/2019. Saat ini, Prodi PMM FITK UIN Sumatera Utara Medan memiliki status aktif, dengan nama Prodi yakni Pendidikan Matematika, kode Prodi 84202, tanggal berdiri 14 Mei 2012, SK Penyelenggaraan sesuai Peraturan Presiden (Perpres) 131/2014 dan tanggal SK 17 Oktober 2014.